生物顯微鏡是一種利用斜射光照明觀察不透明物體立體形狀或表面結構的顯微鏡，在生物學中可以用來觀察植物的根、莖、葉、花等器官及表層組織的形態和結構，動物中的微小器官和各種組織的形態結構。同時，在工農業生產和科學文化事業的許多領域內也有著廣泛的用途。
生物顯微鏡現在已經成為很多行業實驗的必須品，但是他的成像問題一直是被大家所擔心的，生物顯微鏡的成像質量會受到各類像差的影響，除了像差以外，使用時的操作也會影響到成像的質量問題，那我們在操作顯微鏡時要注意哪些問題呢？
1、顯微鏡物鏡按檔次可分為6~8個檔，常用的為平場消色差物鏡。如鏡頭檔次太低，則成像質量會下降。因此，建議選擇平場以上檔次物鏡。
2、調焦系統作為機械部分的重要部件，調焦精度也非常重要。對于生物學初學者或剛接觸顯微鏡的操作者，熟練使用調調焦系統，能快速找到圖像并聚焦，提高工作效率。
3、非球面聚光鏡能提供非常均勻的照明光線，所觀察到的顯微圖像襯度。
4、)照明系統如采用溫度低，色溫較高的照明裝置，觀察到的是分辨率和銳利度*的顯微圖像。
5、在使用顯微鏡時，被檢物體做的比較標準很重要。如：切片厚度是否太厚，蓋玻片是否符合標準等。
6、聚光鏡孔徑光欄盡量和物鏡的數值孔徑相符，才能得到*佳的圖像分辨率。
7、載物臺在觀察切片時，常做X、Y軸的移動。如：雙層機械移動臺，精度和穩定性較好，能在觀察顯微圖像時提供好的成像質量。
8、視場光欄應根據觀察不同的被檢物體和物鏡倍率開啟到合適的位置，如開得過大或過小顯微圖像的視場亮度會受到影響。
9、采用科勒照明系統，能調節光學的中心像。科研級的顯微鏡均采用此系統，為鏡檢和專業數碼顯微成像系統，提供的顯微照片。
